对于昆山腔中伴奏乐器的发展，魏良辅做出了巨大的贡献，他对于昆山腔进行了十分系统的改良，将昆山腔的伴奏乐器也进行了革新，逐渐促进了昆曲的形成，对戏曲发展起到了巨大的推动作用。对于昆山腔的改革，魏良辅分别在演唱方法、伴奏乐器、角色的使用以及音乐的节奏等多方面做了全面的改革，关于魏良辅在伴奏乐器方面的改革，主要体现在：改革之前，北曲在进行演奏时。
无法使用南曲清唱时所使用的笛、箫、月琴等伴奏乐器，经过了魏良辅的改良，将为北曲音乐进行伴奏的弦索乐队做了调整，使其能够为南曲的表演进行伴奏，修正了“方底圆盖”的问题。主奏乐器方面，在原本以笛为主奏的基础上，增加了琵琶、三弦、月琴、萧、笙、管以及鼓板等诸多种类的乐器进行伴奏，令昆山腔产生了巨大的改变，焕然一新。徐渭在《南词叙录》里还写到：“今昆山以笛、管、笙、琵按节而唱南曲者，字虽不应，颇相谐和，殊为可听，亦吴俗敏妙之事。”到此为止，魏良辅对于昆山腔的乐队方面的改革才算告一段落。清朝时期的李斗在《扬州画舫录》里写到。
“昆曲的伴奏乐器中，以笛、笙、鼓板、三弦为主。由此我们可知魏良辅在对伴奏乐队的改造后，开始出现了乐队以笛和鼓板主奏，琵琶、三弦、笙、箫和月琴等乐器进行辅助的形式。改革后的昆山腔焕然一新，加之其曲调优美婉转，旋律舒缓流畅，有“水磨腔”之称，使得昆山腔占据了众多戏曲声腔的首要地位。二清代地方戏与琵琶音乐的融合清代初期，流行于各地的民间戏曲吸收了南、北曲的元素，逐步开始形成了各自的声腔体系，如在中原地区形成的弦索腔，在西秦等地区形成以“西调”为基础的西秦腔等。弦索腔主要以明清时期中原地区的俗曲小令为基础而形成，它包罗的剧种繁多。
主要以北方民间土生土长的剧种为主，主要流行于中原地区。弦索腔使用的常见伴奏乐器为三弦、琵琶、筝等。中原地区梆子腔类别的“河南梆子”便是由北曲弦索调发展而成的，“河南梆子”的演奏使用了与梆子腔相同的伴奏乐器形式，主奏乐器为板胡，用击打梆子的形式进行节奏的控制，同时配以琵琶、三弦、二胡、笛等丝竹类乐器以及鼓、锣等打击类乐器。唱腔中常使用琵琶、二胡等乐器进行伴奏。滩簧在清代乾隆之前作为民间小曲形式流传与长兴县东部地区，后借鉴、吸取花鼓戏，逐步发展成为戏曲艺术，滩簧在表演时所使用的伴奏乐器。
据清代顾禄在《清嘉录》中的描述：“滩簧乃弋腔之变，以琵琶、弦索、胡琴、檀板合动而歌。”滩簧自兴起后，又对昆曲等戏曲剧目进行移植演唱，同时对唱词进行改进，逐步成为具有一定规模的戏曲音乐。到了清代后期，我国各个地区的戏剧种类开始兴盛起来，其中，越剧是发展最为典型的剧种之一。在越剧演出中，伴奏乐队的编排和使用通常为小型的伴奏乐队，通常使用琵琶、月琴、三弦、越胡、笛、笙以及鼓板等许多种类的乐器。总而言之，明清时期戏曲音乐处于一个不断地改革发展与进步的时期，戏曲音乐的伴奏也收到了诸多影响。而琵琶作为戏曲艺术众多的伴奏乐器之一。
以衬托的地位，像一片肥沃的土壤，带动了全国各地各个剧种在这片土壤中百花齐放的局面。明清时期琵琶在其他乐种中的运用明清时期的乐器演奏方面处于高度发展的时期，随着清代初期我国多民族国家的统一发展，以及该时期不同民族间文化的广泛交流，许多原本只在少数民族中使用的乐器逐渐开始展示在大家面前，使用范围广泛地全国各地扩展。乐器种类的丰富以及乐器制作工艺成熟，为这一时期内器乐高速的发展的可能性提供了基本保障。明朝时期乐队的发展分为宫廷乐队和民间乐队两大分支，宫廷乐队是在明确的规章制度下发展的，在宫廷，设有专门的音乐机构。
掌管着乐队的排演、编制等活动以及规章制度的制定，宫廷乐队的演出活动常使用于政治场合，如宗庙祭祀、朝贺、宴飨等大型场合，因此，根据演出场合需求的不同，划分了不同种类的几支乐队，即朝贺乐队、宴飨乐队、祭祀乐队和仪仗乐队。在这些种类繁多的乐队之中，由于宴飨过程中对于乐队的需求最多，使用最为频繁，因此乐队中编制最为复杂、形式最为多样的乐队便是用于宴飨而设置的宴飨乐队。
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